1873 gründeten mehrere Freiburger Studenten die Katholische Deutsche Studentenverbindung Hercynia, um gemeinsam unter dem Druck des Badischen Kulturkampfes für ihren katholischen Glauben einzustehen. Als Zeichen ihrer Verbundenheit zur Kirche trugen sie Violett, die Farbe des Freiburger Priesterseminars Collegium Borromaeum , welches der Badische Staat zuvor hatte schließen lassen, aber auch Gold und Rot, die Farben des Großherzogtums Baden. Dieses Bekenntnis zu Staat und Kirche erwies sich im weiteren Verlauf der Geschichte als kein einfaches.
Im Jahr 1880 gründete sich der Altherrenverband der Freiburger Hercynen, der alle Mitglieder mit Studienabschluss vereint. Erster Altherrenvorsitzender wurde nachmaliger Reichskanzler Constantin Fehrenbach. Die junge Studentenverbindung wuchs rasch: 1899 zählte die Aktivitas (Vereinigung der studierenden Mitglieder) 130 Mitglieder. Daher gründete Hercynia die erste von späteren fünf Tochterverbindungen. Seit 1911 bildet die Villa Hasse in der Mercystraße eine Heimat für alle Hercynen.
Im Ersten Weltkrieg ließen 51 Mitglieder der Verbindung ihr Leben. Nur durch eigene Spenden konnte die Aktivitas nach Kriegsende wiedergegründet werden. Maßgeblich daran beteiligt war späterer Freiburger Ehrenbürger Carl Kistner.